某公司为增值税一般纳税人，有增值税留底100万元，按照现行政策该公司办理了退税100万元，而该公司紧接着在下个征期有销项税100万，在不留抵退税的情况下，销项减进项后增值税为0，也就不用缴纳增值税，相应也不需要缴纳附加税费。但因为该公司将增值税留底的100万办理了退税，相应当期进项为0，相应要缴纳增值税100万，是否意味着要按照100万计算缴纳附加税费呢？附加税费是以应纳增值税为计税依据，如果不办理退税，纳税人应缴纳的增值税为0，如果办理了留抵退税，反而多出了附加税费，显然不符合税法的规定，如果解决这一问题？
《财政部 税务总局关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》(财税〔2018〕80号)规定，对实行增值税期末留抵退税的企业，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税(征)依据中扣除退还的增值税税额。即企业在前期享受了增值税留抵退税政策，后期在计算城建税及附加费的计税依据时，可以从实际缴纳的增值税中扣除已经退还的的留抵税额。并且《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）进一步明确：纳税人自收到留抵退税额之日起，应当在下一个纳税申报期从城建税计税依据中扣除。留抵退税额仅允许在按照增值税一般计税方法确定的城建税计税依据中扣除。当期未扣除完的余额，在以后纳税申报期按规定继续扣除。教育费附加和地方教育费附加同城建税一样处理。因此，该公司虽然应缴纳增值税100万，但并不需要缴纳附加税费。
提醒：在税务系统中，纳税人缴纳了增值税，但并未随之相应附征附加税费，又有可能会出现税收风险提示，需要纳税人作好解释工作。