制造业企业增值税合规管理提示
一、核心风险点
1、混淆一般计税与简易计税方法，将简易计税项目对应的进项税额违规抵扣；
2、纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围的制造业企业（含食品加工、纺织加工等以购进农产品为原料生产销售货物的一般纳税人），未严格执行核定扣除办法，违规混合使用凭票抵扣、计算抵扣等非核定方式进行抵扣甚至双重叠加抵扣，导致农产品进项税额抵扣不合规、少缴税款；
3、自2026年1月1日起，农产品深加工加计扣除政策已废止，仍违规适用1%加计扣除；
4、购进货物、服务用于集体福利、个人消费及免税项目的，对应的进项税额不得抵扣，企业未按规定作进项税额转出；
5、因管理不善造成原材料、库存商品被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除等非正常损失，未按规定对已抵扣的进项税额作转出处理；
6、取得不符合规定的增值税扣税凭证（如开票有误、虚开、三流不一致等），违规抵扣进项税额；
7、发生采购退货、交易终止情形时，对应已抵扣的进项税额未按规定转出。
二、合规自查要点
1、梳理企业适用简易计税方法的应税项目，核查不同计税项目进项税额是否准确划分核算，对应简易计税项目、免税项目不得抵扣的进项税额是否按规定及时转出；
2、适用农产品核定扣除的制造业企业（如食品加工、纺织等），核查是否严格按照核定扣除办法计算抵扣进项税额，是否存在违规采用凭票抵扣，是否存在重复抵扣情形；
3、农产品深加工企业生产13%税率商品加计扣除政策已于2026年1月1日停止执行，核查是否存在继续适用加计扣除政策，造成多抵税款；
4、核查“原材料”“库存商品”“固定资产”等科目，追踪购进货物/服务的实际用途，确认用于集体福利、免税项目以及其他不得抵扣情形的，其对应的进项税额已按规定足额转出；
5、核查“营业外支出”“待处理财产损溢”等相关会计科目，确认因管理不善造成的非正常损失（如原材料被盗、库存商品霉烂变质等），其对应的进项税额是否已按规定足额转出（含不动产、在建工程非正常损失的进项转出）；
6、核查增值税专用发票、海关缴款书等扣税凭证，确认发票抬头、税号、货物名称、数量等信息与实际业务一致，资金流、发票流、货物流“三流一致”，杜绝虚开发票抵扣；
7、核查采购退货、应税交易中止/终止相关资料，确认已抵扣进项税额的货物、服务发生退回或交易终止的，已按规定从当期进项税额中转出，发票进行红冲。