股权转让价格及税费，应该如何按照相应的程序来确定。
1、股权转让价格的确定
1协商作价法
即由股权的转让方和受让方按照意思自治的原则协商确定股权转让价格。“协商作价法”属于主观定价法，即转让方和受让方可以综合考虑企业资产的历史、现状与未来以及其他需要考虑的因素，确定双方都满意的价格。
但“协商价法”也因其主观性而存在一定弊端，尤其在上市公司中，涉及关联交易等特殊情形且没有足够证据支持的情况下，容易让监管层对交易的公允性产生怀疑。
2出资额法
即按公司工商注册登记时的出资额来确定股权价格。在实践中，出于合理避税的考虑，加之任何一种定价方法都各有利弊。因此，这种定价方法在实践中也较为常见。
3净资产法
即按公司某一时点经审计的净资产值或根据该净资产值进行适当的溢价来确定股权的价格。在有限公司，由于缺乏二级市场价格的参照，采用会计账面价值显然更为稳妥。
4评估价法
即按公司经资产评估后确定的资产价格来确定股权的价格。这种估价方法忽略了公司的未来价值，诸如商誉等无形资产易被低估。另一方面，诸如三鹿公司商誉一夜化零的现象在市场中也是普遍存在的。因此，未来价值也带有浓厚的主观性。
司法实践中，法院在面临必须确定股权价格时，通常会选择委托评估价格进行评估。
5市盈率法
在股份公司，股票存在一个相对客观而由证券本身确定的价格，在投资学上称作“内在价值”。股票内在价值的计算方法多种多样，较为简洁有效的方法是市盈率法，即股权转让价款按照公司的净利润乘以一定倍数的市盈率计算确定。
前四种方法可以归类为客观定价法，如“出资额法”反映了企业资产原有的价格，“净资产法”与“评估价法”反映了企业资产的现有价格，“市盈率法”则考虑企业的动态盈利能力，主要体现企业的未来收益，反应了企业资产的将来预期价格。
2、“同次转让、不同定价”问题
股份公司股票发行要求同股同价、同股同权，股票交易的定价则由于竞价交易规则的存在可以千差万别。对于拟上市阶段的有限责任公司而言，由于不存在等额划分的股份，往往只按出资额的数量或股权的百分比来进行计量。在有限责任公司的股权进行转让时，同一股东将其持有的一定百分比的股权转让给不同的受让方，是否可以进行不同的定价?
理论上讲，不论是按照何种定价方式计算，在同一时点同一股东持有的股权应当是等价的，之所以有不同的定价结果，必然是股权本身价值以外的因素在起作用。在股权转让自由的原则之下，是否允许股权同次转让不同定价，关键看是否会损害相关各方的利益。
首先考虑公司本身，股权转让是股东间的行为，股权价款的高与低对公司自身资产不会产生任何影响，因此不会损害公司的利益;
其次考虑其他股东，由于公司法赋予了其他股东对于股权向外部人转让时的否决权以及法定优先购买权，因此也不会损害其他股东的利益;
最后考虑公司债权人，由于股权不同价转让不会对公司资产产生影响，因此也不会损害债权人的利益。
总而言之，在法律没有明文禁止，且满足以下条件的情形下，有限责任公司的股权“同次转让、不同定价”不违反现行法律的相关规定：
遵循有限责任公司股权转让的一般规则并履行了相应的程序，在股权拟向外部人转让时，其他股东过半数同意并放弃优先购买权;
不构成关联交易利益输送的情形，即股权转让双方不应通过股权转让行为转移资源与义务。
深圳证券交易所上市(2008年9月19日)的四川川润股份有限公司即出现过此种情况，最终顺利过会。
3、国有股权转让价格的确定
企业国有股权转让事项经批准或者决定后，转让方应当组织转让标的企业按照有关规定开展清产核资，根据清产核资结果编制资产负债表和资产移交清册，并委托会计师事务所实施全面审计(包括按照国家有关规定对转让标的企业法定代表人的离任审计)。资产损失的认定与核销，应当按照国家有关规定办理。转让所出资企业国有股权导致转让方不再拥有控股地位的，由同级国有资产监督管理机构组织进行清产核资，并委托社会中介机构开展相关业务。
在清产核资和审计的基础上，转让方应当委托具有相关资质的资产评估机构依照国家有关规定进行资产评估。评估报告经核准或者备案后，作为确定企业国有产权转让价格的参考依据。在产权交易过程中，当交易价格低于评估结果的90%时，应当暂停交易，在获得相关产权转让批准机构同意后方可继续进行。
股权转让中的税费
根据国家税法有关规定，股权转让行为主要涉及以下几个税种：
1印花税
根据1988年国务院颁布的《中华人民共和国印花税暂行条例》第2条规定，产权转移书据为应纳税凭证。产权转移书据，是指单位和个人产权的买卖、继承、赠与、交换、分割等所立的书据，包括财产所有权和版权、商标专用权、专利权、专有技术使用权等转移书据。股权转让合同属于该条所指的“产权转移书据”，应当按照所载金额万分之五贴花，依法缴纳印花税。
2所得税
1、个人所得税
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，自然人股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。财产转让所得以个人每次转让财产取得的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，适用20%的比例税率。
根据2003年1月1日起执行的财政部、国家税务总局发布的“财税(2002)191号文”《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》规定，对股权转让不征收营业税。
2、企业所得税
根据国家税务总局于2000年发布的“国税发(2000)118号文”《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》规定，企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。对居民企业取得所有应纳税收入及非居民年企业取得的除下述收入外的所有收入，按25%税率缴纳企业所得税，具体计算公式为：应纳税金=应纳税所得额×25%;对非居民企业，在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，按20%的税率缴纳企业所得税。具体计算公式为：
应纳税金=应纳税所得额×20%。
另根据国家税务总局于2004年发布的“国税函(2004)390号文”《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》规定：
1、企业在一般的股权(包括转让股票或股份)买卖中，应按前述“国税发(2000)118号文”有关规定执行，股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得;
2、企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发〈企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定〉的通知》(国税发〔1998〕97号)的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得;
3、按照《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》(国税发〔2003〕45号)第三条规定，企业已提取减值、跌价或坏帐准备的资产，如果有关准备在申报纳税时已调增应纳税所得，转让处置有关资产而冲销的相关准备应允许作相反的纳税调整。因此，企业清算或转让子公司(或独立核算的分公司)的全部股权时，被清算或被转让企业应按过去已冲销并调增应纳税所得的坏帐准备等各项资产减值准备的数额，相应调减应纳税所得，增加未分配利润，转让人(或投资方)按享有的权益份额确认为股息性质的所得。
3营业税
根据2003年1月1日起执行的财政部、国家税务总局发布的“财税(2002)191号文”《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》规定，对股权转让不征收营业税。
股东转让股份怎么规避风险?
股东转让股份怎么规避风险?公司法确定了善意取得制度。即不能因为未办理工商变更就认定转让无效，只要符合善意取得制度，即买方善意取得、支付合理对价、办理相关手续(股东名册变更)三大要件，就认为转让合同有效。下面由小编在本文整理介绍股东转让股份规避风险的相关内容。
(一)股权转让合同的生效、例外
原则上成立时即生效时，但有例外，如有关企业或行业转让股权需经许可、登记生效等，当事人也可以附条件、附期限。但双方的约定违反逻辑的无效。
(二)股权转让合同的效力和变动的效力
不能因为未办理登记就认为未发生效力，是两个不同的法律关系。确认股权的三大证据包括：基础证据、推定证据、对抗证据。在股东名册和工商登记中，核心是股东名册，但股东名册有相反证据可以推翻，工商登记可对抗第三人。如果股权诉讼中涉及股东资格认定时，应列公司为第三人。
(三)股权转让后股东超过50人的合同效力
有限公司设立时规定股东不得超过50人，但未规定股权转让后不得超过50人，但实践中较难做到，解决办法：股权信托，可以有隐名股东。
(四)股东出资瑕疵对股权转让效力的影响
瑕疵股权可以转让，但有可能构成可撤销的情形，如果受让方明知瑕疵仍让愿意受让，认定有效，但转让方恶意，受让方不知，受让方有撤销权。
(五)慎重对待无效、可撤销合同
应当确立与人为善原则，能弥补的尽量弥补，按照有效、可撤销、无效程序认定。即能认定有效的不要撤销，能认定可撤销的不要认定无效。
(六)一股多卖问题
包括横向，即一股卖给了数个受让人;纵向，即甲卖给乙、乙卖给丙等。具体的解决办法包括：
1、尽量筛选出行使撤销权的人，即退出购买返还股金。
2、继续履行的，确认享有事实上、法律上优先购买权的股东有效。
3、无优先购买权的股东。
因为股权是准物权，因此法院应当裁判保护享有法定优先权的股东，即判决有优先购买权的股东股权转让有效。其余买家无效，但可以行使民事上的债权人权利。
如果受让人都签订了合同、支付了转让款，就要注意股权转让是否发生效力，即股东名册是否变更，如果某一个已办理变更，因受让人已取得股东资格，原转让人就无权再转让，另一个转让就是无效的，无效的受让人只能依据合同法追究原转让人的违约责任。